1998년 봄, 중학생인 사카키바라 코이치는 부친이 일 때문에 해외로 나가게 되면서
요미야마 시라는 전원도시에 있는 외가에 맡겨지게 된다.
하지만 이쪽으로 옮겨오자마자 기흉에 걸리는 바람에 입원을 하게 되었고,
결국 코이치는 개학날로부터 한 달이나 늦어져서야 간신히 등교를 할 수 있게 되었다.
요미야마 북중학교 3학년 3반으로 등교한 코이치는 눈에 안대를 하고 있는 어딘가
묘한 분위기의 소녀 미사키 메이에게 흥미를 갖게 된다.
하지만 반 친구들은 누구도 메이와 친하게 지내려 하지 않았고,
무언가를 감추고 있는 듯, 무언가를 두려워하는 듯한 기묘한 반 분위기에 코이치는 일말의 위화감을 느끼게 된다.
하지만 숨겨진 '비밀'에 접근하려 할수록 수수께끼는 더 복잡해져만 가고, 그러던 중에 생각지도 못했던 참사가 발생하는데.